La Subsecretaría de Educación Media Superior (SEMS) se integra por cinco Direcciones Generales y tres Coordinaciones Sectoriales:
- Unidad de Educación Media Superior Tecnológica Agropecuaria y Ciencias del Mar (UEMSTAyCM)
- Unidad de Educación Media Superior Tecnológica Industrial y de Servicios (UEMSTIS)
- Dirección General de Centros de Formación para el Trabajo (DGCFT)
- Dirección General de Bachillerato (DGB)
- Coordinación Sectorial de Planeación y Administración
- Coordinación Sectorial de Personal
- Coordinación Sectorial de Fortalecimiento Académico (COSFAC)
Además, de conformidad con lo dispuesto en el ACUERDO Núm. 646 por el que las entidades paraestatales coordinadas por la Secretaría de Educación Pública se agrupan en subsectores, se adscriben los órganos desconcentrados a estos subsectores y se designa a los suplentes para presidir los órganos de gobierno o comités técnicos de las citadas entidades, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 16 de agosto de 2012, los siguientes organismos, aunque no forman parte de la estructura de la Subsecretaría de Educación Media Superior, se encuentran bajo la coordinación de esta dependencia.