CONOCER tiene un órgano de gobierno integrado por 9 representantes del sector público, 3 representantes del sector privado y 3 representantes del sector social, y es presidido por el Secretario de Educación Pública.
Sector Privado
- Consejo Coordinador Empresarial (CCE)
- Confederación Patronal de la República Mexicana (COPARMEX)
- Confederación de Cámaras Industriales de los Estados Unidos Mexicanos (CONCAMIN)
Sector Social
- Congreso del Trabajo
- Confederación Revolucionaria de Obreros y Campesinos (CROC)
- Confederación de Trabajadores de México (CTM)
Sector Público
- Secretaría de Educación Pública (SEP)
- Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP)
- Secretaria de Economía (SE)
- Secretaria de Trabajo y Previsión Social (STPS)
- Secretaria de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA)
- Secretaría de Energía (SE)
- Secretaría de Turismo (SECTUR)
- Instituto Nacional para la Educación de los Adultos (INEA)
- Subsecretaría de Educación Media Superior de la SEP
