La entonces Subsecretaría de Educación e Investigación Tecnológicas por su magnitud y complejidad, mejoró su estructura orgánica en el año 2002 para atender, con oportunidad y calidad, la demanda de servicios que las unidades administrativas adscritas a ella requieran a nivel nacional. La renivelación de la Coordinación Administrativa a Coordinación General de Administración y Finanzas y la creación de las Direcciones Técnica y de Administración, es de suma importancia ya que se cuenta con servidores públicos con el nivel jerárquico y la capacidad de toma de decisiones para que coordine, proponga y apoye nuevas ideas para el fortalecimiento de los Subsistemas de Educación Tecnológica, y junto con su equipo, proponer alternativas de desarrollo y propuestas operativas de acuerdo a las características particulares de cada uno de los Subsistemas y de esta forma, apoyar la labor del C. Subsecretario de Educación e Investigación Tecnológicas.

Para el año de 2005, se llevó a cabo la reestructuración de la Secretaría de Educación Pública, en la que entre otros cambios, desaparece la Subsecretaría de Educación e Investigación Tecnológicas y nace la Subsecretaría de Educación Media Superior, dicha modificación, trae consigo cambios al interior de esta Subsecretaría, ya que se tenían que incorporar aquellas instituciones que ofrecen educación media superior y entregar a las unidades administrativas correspondientes, la Educación Superior Tecnológica. Asimismo, la Coordinación Sectorial de Administración y Finanzas cambia su nomenclatura a Coordinación Sectorial de Planeación y Administración.