El sistema contará con un consejo
 
El Consejo, será la máxima autoridad del Sistema y se integrará por: 33 Consejeros con voz  y voto, como sigue:
  • Subsecretaria de Educación Media Superior de la Secretaría, quien presidirá.
  • Servidor público responsable de los servicios educativos de cada una de las entidades federativas.
  • Invitados, con voz pero sin voto, los titulares de las unidades administrativas adscritas a la Subsecretaría.
El Presidente del Consejo invitará con voz / sin voto:
  • Titulares de las entidades paraestatales bajo su coordinación, que tengan a su cargo la prestación de servicios de Educación Media Superior;
  • Tres representantes de cada una de las 5 regiones, que provendrán de los organismos públicos descentralizados locales.
  • Un representante de una institución pública local autónoma, por cada una de las 5 regiones.
  • Un representante de una institución particular con reconocimiento de validez oficial de estudios por cada una de las 5 regiones.
  • El Consejo contará con un Secretario Técnico designado por su Presidente.
  • Los consejeros podrán designar a su suplente, quien deberá tener el nivel jerárquico inmediato inferior.